生信(關于書信的一些)
1.關于書信的一些基礎知識
書信寫作格式 書信歷史悠久，其格式也幾經變化。
今天，按通行的習慣，書信格式主要包括五個部分：稱呼、正文、結尾、署名和日期。 1.稱呼 也稱“起首語”，是對收信人的稱呼。
稱呼要在信紙第一行頂格寫起，后加“：”，冒號后不再寫字。稱呼和署名要對應，明確自己和收信人的關系。
（具體可參見第四編《應酬稱謂》）稱呼可用姓名、稱謂，還可加修飾語或直接用修飾語作稱呼。這里簡要說明幾條細則： （1）給長輩的信。
若是近親，就只寫稱謂，不寫名字，如“爸”、“媽”、“哥”、“嫂”等；親戚關系的，就寫關系的稱謂，如“姨媽”、“姑媽”等。對非近親的長輩，可在稱謂前加名或姓，如“趙阿姨”、“黃叔叔”等。
（2）給平輩的信。夫妻或戀愛關系，可直接用對方名字，愛稱加修飾語或直接用修飾語，如“麗”、“敏華”、“親愛的”等；同學、同鄉(xiāng)、同事、朋友的信，可直接用名字、昵稱或加上“同學”、“同志”，如“瑞生”、“老紀”、“小鄒”、“三毛”等。
（3）給晚輩的信。一般直接寫名字，如“樂毅”、“君平”、“阿明”等；也可在名字后加上輩分稱謂，如“李花侄女”等；亦可直接用稱謂作稱呼，如“孫女”、“兒子”等。
（4）給師長的信，通常只寫其性或其名，再加“老師”二字，如“段老師”、“周師傅”、“宏海老師”等。對于十分熟悉的師長，也可單稱“老師”、“師傅”。
假如連名帶姓，在信首直稱“孫松平老師”、“王達夫師傅”，就顯得不大自然且欠恭敬。對于學有專長、德高望重的師長，往往在姓后加一“老”字，以示尊重，如“戴老”、“周老”，亦可在姓名后加“先生”二字。
為鄭重起見，也有以職務相稱的，如“董教授”、“陳大夫”、“佟工程師”等。 （5）給一個單位或幾個人的信，又不指定姓名的，可寫“同志們”、“諸位先生”、“XX等同志”等。
給機關團體的信，可直接寫機關團體名稱。如“XX委員會”、“XX公司”。
致機關團體領導人的信，可直接用姓名，加上“同志”、“先生”或職務作稱呼，亦可直接在機關團體稱呼之后加上“領導同志”、“負責同志”、“總經理”、“廠長”等。 如果信是同時寫給兩個人的，兩個稱呼應上下并排在一起，也可一前一后，尊長者在前。
上述五種場合，有時還可按特殊對象，視情況加上“尊敬的”、“敬愛的”、“親愛的”等形容詞，以表示敬重或親密之情。當然，這要用得適宜，如對好友稱“尊敬的”，反而顯得見外，對無特殊關系的年輕女性貿然稱呼“親愛的”，那就有失檢點了。
2.正文 正文通常以問候語開頭。問候是一種文明禮貌行為，也是對收信人的一種禮節(jié)，體現(xiàn)寫信人對收信人的關心。
問候語最常見的是“您好！”“近好！”依時令節(jié)氣不同，也常有所變化，如“新年好！”“春節(jié)愉快！”問候語寫在稱呼下一行，前面空兩格，常自成一段。 問候語之后，常有幾句啟始語。
如“久未見面，別來無恙?！薄敖鼇硪磺锌珊?？”“久未通信，甚念！”之類。
問候語要注意簡潔、得體。 接下來便是正文的主要部分——主體文，即寫信人要說的話。
它可以是稟啟、復答、勸諭、抒懷、辭謝、致賀、請托、慰唁，也可以是敘情說理、辯駁論證等。這一部分，動筆之前，就應該成竹在胸，明白寫信的主旨，做到有條有理、層次分明。
若是信中同時要談幾件事，更要注意主次分明，有頭有尾，詳略得當，最好是一件事一段落，不要混為一談。 3.結尾 正文寫完后，都要寫上表示敬意、祝愿或勉勵的話，作為書信的結尾。
習慣上，它被稱做祝頌語或致敬語，這是對收信人的一種禮貌。祝愿的話可因人、因具體情況選用適當?shù)脑~，不要亂用。
（可參見下節(jié)《常用書信用語》的“祝頌語”。） 結尾的習慣寫法有兩種： （1）在正文寫完之后，緊接著寫“此致”，轉一行頂格或空兩格寫“敬禮”。
（2）不寫“此致”，只是另起一行空兩格寫“敬禮”、“安好”、“健康”、“平安”等詞，一定要另起一行空兩格，不得尾綴在正文之后。也可以在正文結尾下另起一行寫“祝你”、“敬祝”，再空兩格寫上“安好”、“健康”等。
4.署名和日期 在書信最后一行，署上寫信人的姓名。署名應寫在正文結尾后的右方空半行的地方。
如果是寫給的親屬、朋友，可加上自己的稱呼，如兒、弟、兄、侄等，后邊寫名字，不必寫姓。如果是寫給組織的信，一定要把姓與名全部寫上。
而在署名之后，有時還視情加上“恭呈”、“謹上”等，以示尊敬。上述自稱，都要和信首的稱謂相互吻合。
日期一項，用以注明寫完信的時間，寫在署名之后或下邊。有時寫信人還加上自己的所在的地點，尤其是在旅途中寫的信，更應如此。
2.生物信息學一些基本的常用軟件有哪些
必學：1、計算機基礎（linux+perl+R 或者 python+matlab）
2、生信基礎知識（測序+數(shù)據(jù)庫+數(shù)據(jù)格式）
3、生信研究領域（全基因組，全轉錄組，全外顯子組，捕獲目標區(qū)域測序）
4、生信應用領域（腫瘤篩查，產前診斷，流行病學，個性化醫(yī)療）
分而治之：
一、計算機基礎，需要看三本書，一步步的學會學通，不需要刻意去找哪個書，一般linux是鳥哥私房菜，perl是小駱駝咯，R是R in action，但是看一本書只能入門，真正想成為菜鳥，必須每個要看五本書以上！我云盤里面有這基本上的高清打印版，大家可以去淘寶打印一下才幾十塊錢還包郵，對書比較講究的也可以買正版，也不過是一百多塊錢而已！
二、生信基礎知識，測序方面，在百度文庫找十幾篇一代二代三代測序儀資料仔細研讀，然后去優(yōu)酷下載各大主流測序儀的動畫講解，再看看陳巍學基因的講解；數(shù)據(jù)庫先看看三大主流數(shù)據(jù)庫——NCBI,ENSEMBL,UCSC，還有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG,OMIN,TIGR,GO）同樣也是百度文庫自己搜索資料，但是這次需要自己去官網一個個頁面點擊看，一個個翻譯成中文理解吃透；數(shù)據(jù)格式講起了就多了，這個主要是在項目流程中慢慢學，或者你有機會去上課，不然你看來也是立馬忘記的，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究領域，各個領域主要是軟件繁多，合起來常用的估計有上百個軟件了，一般只有從業(yè)五六年以上的人才有可能把它們全部用過一遍，而且這也完全需要項目來訓練，而不能僅僅是看看軟件手冊，但是研究領域最重要的是背后的原理，需要看各大牛的綜述。
a） 生信基礎軟件（blast++套件，fastqc,flash,blast,solexaQA,NGS-QC-toolkit,SRA-toolkit,fastx-toolkit）
b) snp-calling相關軟件（bwa,bowtie,samtools,GATK,VarScan.jar,annovar）
c） 基因組相關軟件（velvet,SOAPdenovo2,repeatmasker,repeatscount,piler,orthMCL,inparanoid,clustw,muscle,MAFFT,quickparanoid,blast2go,RAxML,phyML）
d） 轉錄組相關軟件（trinity,tophat,cufflinks,RseQC,RNAseq,GOseq,MISO,RSEM,khmer,screed,trimmomatic,transDecoder,vast-tools,picard-tools,htseq,cuffdiff,edgeR,DEseq,funnet,davidgo,wego,kobas,KEGG,Amigo,go）
3.關于書信的一些基礎知識
書信寫作格式
書信歷史悠久，其格式也幾經變化。今天，按通行的習慣，書信格式主要包括五個部分：稱呼、正文、結尾、署名和日期。
1.稱呼
也稱“起首語”，是對收信人的稱呼。稱呼要在信紙第一行頂格寫起，后加“：”，冒號后不再寫字。稱呼和署名要對應，明確自己和收信人的關系。（具體可參見第四編《應酬稱謂》）稱呼可用姓名、稱謂，還可加修飾語或直接用修飾語作稱呼。這里簡要說明幾條細則：
(1)給長輩的信。若是近親，就只寫稱謂，不寫名字，如“爸”、“媽”、“哥”、“嫂”等；親戚關系的，就寫關系的稱謂，如“姨媽”、“姑媽”等。對非近親的長輩，可在稱謂前加名或姓，如“趙阿姨”、“黃叔叔”等。
(2)給平輩的信。夫妻或戀愛關系，可直接用對方名字，愛稱加修飾語或直接用修飾語，如“麗”、“敏華”、“親愛的”等；同學、同鄉(xiāng)、同事、朋友的信，可直接用名字、昵稱或加上“同學”、“同志”，如“瑞生”、“老紀”、“小鄒”、“三毛”等。
(3)給晚輩的信。一般直接寫名字，如“樂毅”、“君平”、“阿明”等；也可在名字后加上輩分稱謂，如“李花侄女”等；亦可直接用稱謂作稱呼，如“孫女”、“兒子”等。
(4)給師長的信，通常只寫其性或其名，再加“老師”二字，如“段老師”、“周師傅”、“宏海老師”等。對于十分熟悉的師長，也可單稱“老師”、“師傅”。假如連名帶姓，在信首直稱“孫松平老師”、“王達夫師傅”，就顯得不大自然且欠恭敬。對于學有專長、德高望重的師長，往往在姓后加一“老”字，以示尊重，如“戴老”、“周老”，亦可在姓名后加“先生”二字。為鄭重起見，也有以職務相稱的，如“董教授”、“陳大夫”、“佟工程師”等。
(5)給一個單位或幾個人的信，又不指定姓名的，可寫“同志們”、“諸位先生”、“XX等同志”等。給機關團體的信，可直接寫機關團體名稱。如“XX委員會”、“XX公司”。致機關團體領導人的信，可直接用姓名，加上“同志”、“先生”或職務作稱呼，亦可直接在機關團體稱呼之后加上“領導同志”、“負責同志”、“總經理”、“廠長”等。
如果信是同時寫給兩個人的，兩個稱呼應上下并排在一起，也可一前一后，尊長者在前。
上述五種場合，有時還可按特殊對象，視情況加上“尊敬的”、“敬愛的”、“親愛的”等形容詞，以表示敬重或親密之情。當然，這要用得適宜，如對好友稱“尊敬的”，反而顯得見外，對無特殊關系的年輕女性貿然稱呼“親愛的”，那就有失檢點了。
2.正文
正文通常以問候語開頭。問候是一種文明禮貌行為，也是對收信人的一種禮節(jié)，體現(xiàn)寫信人對收信人的關心。問候語最常見的是“您好！”“近好！”依時令節(jié)氣不同，也常有所變化，如“新年好！”“春節(jié)愉快！”問候語寫在稱呼下一行，前面空兩格，常自成一段。
問候語之后，常有幾句啟始語。如“久未見面，別來無恙。”“近來一切可好？”“久未通信，甚念！”之類。問候語要注意簡潔、得體。
接下來便是正文的主要部分——主體文，即寫信人要說的話。它可以是稟啟、復答、勸諭、抒懷、辭謝、致賀、請托、慰唁，也可以是敘情說理、辯駁論證等。這一部分，動筆之前，就應該成竹在胸，明白寫信的主旨，做到有條有理、層次分明。若是信中同時要談幾件事，更要注意主次分明，有頭有尾，詳略得當，最好是一件事一段落，不要混為一談。
3.結尾
正文寫完后，都要寫上表示敬意、祝愿或勉勵的話，作為書信的結尾。習慣上，它被稱做祝頌語或致敬語，這是對收信人的一種禮貌。祝愿的話可因人、因具體情況選用適當?shù)脑~，不要亂用。（可參見下節(jié)《常用書信用語》的“祝頌語”。）
結尾的習慣寫法有兩種：
(1)在正文寫完之后，緊接著寫“此致”，轉一行頂格或空兩格寫“敬禮”。
(2)不寫“此致”，只是另起一行空兩格寫“敬禮”、“安好”、“健康”、“平安”等詞，一定要另起一行空兩格，不得尾綴在正文之后。也可以在正文結尾下另起一行寫“祝你”、“敬祝”，再空兩格寫上“安好”、“健康”等。
4.署名和日期
在書信最后一行，署上寫信人的姓名。署名應寫在正文結尾后的右方空半行的地方。如果是寫給的親屬、朋友，可加上自己的稱呼，如兒、弟、兄、侄等，后邊寫名字，不必寫姓。如果是寫給組織的信，一定要把姓與名全部寫上。而在署名之后，有時還視情加上“恭呈”、“謹上”等，以示尊敬。上述自稱，都要和信首的稱謂相互吻合。
日期一項，用以注明寫完信的時間，寫在署名之后或下邊。有時寫信人還加上自己的所在的地點，尤其是在旅途中寫的信，更應如此。
4.如何自學生物信息學
先說一下自己吧，我碩士讀的是細胞生物學，今年4月開始在boss要求下自學perl，打聽了下，這本書不錯，就買來開始看，等5月份去北京參加公司的培訓班時，讀了一遍，看了一部分。培訓回來，我們的項目就開始做了，9月拿到所有原始數(shù)據(jù)和分析結果。然后，我對照著公司的分析報告，試著自己走一邊分析流程，中間遇到問題，自己解決不了的，就發(fā)郵件求助。有幾點需要注意：
1. 我能理解你想早些玩兒數(shù)據(jù)的愿望，但是在這之前，最好要有一個outline.需要知道數(shù)據(jù)從哪兒來的，怎么產生的？其實就是測序儀的工作原理。然后是數(shù)據(jù)質量檢驗，為什么需要數(shù)據(jù)過濾？接著是reads拼接和組裝。總之，要對整個流程有一個認識，而后在學習的過程中，再不斷回頭對比這個流程，這樣才不會有迷失的感覺。[這本書]（BioInformatics for High Throughput Sequencing）推薦看一下。
2. 有了基礎知識的鋪墊，就可以嘗試著自己做些練習了，paper上面都會給出他們的數(shù)據(jù)、原碼地址，可以找來自己試試，先看看自己能不能做出一樣的效果。當然，這時要是你手里正好有項目，那就更好了。
3. 學生物信息，paper肯定是要跟蹤的。這兩個網站可以經?？匆幌拢?/p>
[homologous](Homologus - Frontier in Bioinformatics) 覆蓋生物信息有趣的論文， 算法，以及生物科學問題。這個網站還匯集了很多生物信息領域科學家的博客。再如BGI的主程羅瑞邦， SAMtools、BWA的作者Heng Li都有在這里出現(xiàn)。
[rna-seq Blog](RNA-Seq Blog) 推薦新的論文、工作、培訓課程、大型會議等。
如果你是生物背景的，那么計算機方面的知識需要補一下：
- 需要能在linux環(huán)境下舒服的工作。比如從源碼編譯安裝軟件、PATH配置，再比如舒服地使用google找到問題的答案 ：-）
- 學會使用python/perl。比如有的時候運行一個軟件老是報錯，可能就是因為在一個包含幾十萬行的文本文件里，有隨機的那么幾千行的末個位置，多一個冒號，[就像這里]（using HTSeq | popucui）， 這時候你知道需要怎么做了？
- 學會R。要從一大堆基因里面找出表達水平變化的基因來，需要統(tǒng)計分析和顯著檢驗；而要把我們的數(shù)據(jù)更直觀地展示出來，最好的方式就是圖形了吧。這兩個需要，R都能滿足。當然matlab也是可以的，區(qū)別在于R是開源工具。
- 具備了上述技能，那么常用的軟件就能用起來了。隨著學習的深入，可能你的問題別人也沒遇到過，這時候就需要自己動手，要么修改現(xiàn)成的工具，要么自己做一個出來。這時候，除了python/perl，或許還可以學學C/C++/java，或許需要研究下比如BWT、De Bruijn Graph背后的原理。
5.生物學背景自學生物信息學,想做這方面的研究,從哪里
是問從哪里開始嗎？我本科生物，研究生期間生物信息?；A自學。導師生信背景，有計算機學位。
首先一定要確定你真的喜歡計算機嗎？天天寫代碼，跑程序，這樣的日子感覺坐不住的話還是算了，更別提前期學習真的是寫代碼>回車>error>debug>回車>error>debug。。這樣的循環(huán)往復。（不過error遇得多了當可以成功執(zhí)行的時候成就感還是挺突破天際的。）
基礎知識包括linux基本操作，python或perl隨便一門編程語言，R語言常用，要學。熟悉各大生物數(shù)據(jù)庫（主要查詢和下載數(shù)據(jù)），熟悉生信常用到的格式，常用軟件的使用。
還有一些約定俗成的規(guī)則你學習的時候會感受到，比如軟件的使用，你不可能保證把所有的軟件學一遍，總會遇到新的需要嘗試。一般下載軟件編譯之后先-h(help)或是找文件夾中的readme文件，就大概知道怎么做了。包括linux的命令，不可能全部了解，需要用的時候help一下，有什么參數(shù)是你需要的立刻就知道。個人認為主要學的就是一個套路，有了這些套路就可以以不變應萬變。
1. linux
基礎操作要熟悉，安裝軟件，基本文件操作，如果出現(xiàn)error要能解決。推薦《鳥哥的Linux私房菜》。
2. python or perl
編程語言主要是用來批處理各種文本和寫算法（如果需要的話）。和linux一樣，屬于基礎中的基礎，相當于語言對于人類活動的作用。這個要求會一個就好，常用的就是python或perl，選一個感興趣的學。
3. R語言
R語言算是統(tǒng)計工具，雖然也是一門語言，但和python,perl的區(qū)別是當遇到需要做統(tǒng)計的時候，寫R會簡單很多，而且R的作圖功能強大，非常常用。
4. 數(shù)據(jù)庫，例如ucsc,tcga這些。沒什么說的。
5. 了解生信常用到的文本格式。比如fasta,vcf,maf等。其實都是文本，只是需要知道每種文本中的信息都是什么。
Above all，實踐是學習最快的途徑。用的多了就熟練了。
差不多就這些。最后說一些注意。如果研究生期間也想往生信方向轉，選導師一定要選擇有計算機背景的，這樣才好指導你。
6.Re：佛教起信的基礎是什么
佛教起信的思想基礎是什麼？
佛教起信的基礎是信念和智慧。龍樹菩薩在《致國王書》中說：“入道之法簡言之，就是信念和智慧，有信能使歸向法，有智能夠見真理，二者之中智為主，先決條件是信念。"這里說得很清楚，有信念能夠歸向佛法，有智慧才能夠明見真理。這“信"字有三重含義：一是真心喜愛，二是堅信不疑，三是堅定追求。即對所信對象產生興趣，真心喜愛，并堅信所產生的作用，進而執(zhí)著追求。這必須首先要有正確的認識，因此說“智為主"。農樹還在這本書中指出：“以貪心歸趨，嗔恨心歸趨，恐懼心歸趨，無明心歸趨都是不合正法的歸趨。正信歸趨是建立在正確認識基礎上的符合理性的信歸。"這是佛教不同於迷信的根本標志。
佛教涉及的知識范圍和宇宙萬物存在量相等，故稱佛為“正等覺"、“遍知者"。但作為起信皈依的思想基礎，必須認識宇宙萬物無常和生命輪回之苦的本質。“無常"是指“諸法無常"，即萬事萬物瞬息萬變、興衰不定、即生即滅的運動變化規(guī)律。有情生命的可悲之處就是生死輪回之苦和生命短暫無常之苦。
由於這種人生短暫，生命脆弱，禍福不定，興衰相伴的無常原因，人世苦苦追求的一切榮華富貴，都變得毫無意義。認識到這種情況的具有理智的人，為了擺脫這種危機四伏的人生困境，必然會尋找出路，當認識到佛法對世界萬物和人生的認識及其解決辦法的合理性和無比優(yōu)越性時，就會自然地皈信佛教。因此說：“起信的根本是智慧，動力是信念。"</TD></TR>
7.生物信息學需要的數(shù)學知識
這個引自我另一個問題的回答計算機方面--------------首先要編程。
（基礎）然后數(shù)據(jù)結構很重要。還有就是算法（算法分析和設計）數(shù)學方面--------微積分（基礎）數(shù)值方法（基礎）線代（基礎，簡單且重要）離散數(shù)學（尤其是圖論，數(shù)論和邏輯不重要）概率和統(tǒng)計（馬爾科夫過程和貝葉斯等等尤其重要）。
信息論（只要個基本。香農熵啥的在生物信息學經常出現(xiàn)）博弈論有興趣也可以學下（非必要）。
常微分和偏微分（當且僅當你搞系統(tǒng)生物（systems biology）時需要）然后復變，分析，拓撲啥的是最沒用的。
